Bioinformatikinfrastrukturen BILS

Planeringen för bioinformatikinfrastrukturen började redan i fjol. Nu satsar Vetenskapsrådets råd för forskningens infrastrukturer sammanlagt 25 miljoner kronor under tre år för att planerna ska bli verklighet.
– Det ska bli spännande att bygga upp och få det att fungera på ett bra sätt, säger Bengt Persson, som är professor i bioinformatik vid Linköpings universitet och ansvarig för arbetet med infrastrukturen.

Infrastrukturen BILS, Bioinformatics Infrastructure for Life Sciences, skiljer sig från de flesta andra stora infrastruktursatsningar.
– Den är unik i det avseendet att det inte är någon stor apparat som alla delar. Det handlar snarare om ett nätverk.

På sex universitetsorter
Nätverket kommer när det är fullt utbyggt att ha noder och lokala kontaktpersoner på de sex stora universitetsorterna. Dessutom ska det knyta till sig ett antal specialister på till exempel storskaliga proteinstudier eller DNA-sekvensering.

BILS uppgift är att koordinera och ge generell eller specialiserad bioinformatiksupport till forskargrupper. Nätverket ska dessutom ansvara för att biologiska data lagras långsiktigt.

Det ska också tillhandahålla verktyg som databaser, program och bioinformatiska metoder. Forskare ska även kunna skicka in material och få hjälp att analysera data.
 
Enorma mängder biologisk information
Behovet av ett särskilt bioinformatikstöd har vuxit fram parallellt med utvecklingen inom livsvetenskaperna. Stora framsteg inom till exempel gen- och proteinforskningen de senaste åren har genererat enorma datamängder som behöver lagras, analyseras och inte minst tolkas. Där kommer bioinformatiken in.

Bengt Persson använder i sin egen forskning bioinformatik för att förutsäga om en mutation är farlig eller inte. Han har bland annat gjort en studie på 60 patienter med olika mutationer i genen för proteinet CYP 21, tillsammans med forskare vid Karolinska Institutet. Dessa mutationer kan göra att det blir fel i hormonbalansen, vilket i sin tur ger olika slags symptom.

– Effekten beror på var i generna mutationen sitter och hur det påverkar proteinets tredimensionella form. Mutationen syns inte alltid kliniskt förrän det är för sent att sätta in en behandling. Men med kunskap om gener, var mutationen finns och om faktorer som påverkar proteinets form kan man förutsäga dess effekt, säger Bengt Persson.

Samarbete med annan infrastruktur
BILS har redan börjat hjälpa forskare, i samarbete med infrastrukturen för DNA-sekvenseringsteknik. DNA-sekvenser som de senare tagit fram tolkas av bioinformatiker. Det kan bland annat handla om att ta reda på vilket virus en DNA-sekvens kommer ifrån.
 
BILS kommer att utgöra den svenska noden i Elixir, den europeiska infrastrukturen inom bioinformatik som ska tas i drift i januari 2011. Elixir kommer att ha ett antal noder i olika länder, där varje nod har en speciell funktion. De nationella noderna finansieras av respektive land.

Text: Siv Engelmark