Tillgång till superdatorer

När man genomför stora studier inom områden som genetik, står forskarna med stora datamängder som behöver analyseras. Flerdimensionella studier som innehåller kvantitativa mätningar såsom blodtryck, kolesterol eller tillväxttakt hos djur eller människor kräver stor datakapacitet.

- Genom att använda superdatorer kan du få fram uppgifter som du inte skulle kunna få fram annars, säger Kajsa Ljungberg, doktorand i matematik vid Uppsala universitet.

Ljungberg har utvecklat algoritmer som hon menar gör analysen i superdatorer upp till 10 000 gånger snabbare. Om man jämför situationen med hur det såg ut tidigare så är det så att beräkningar som förr brukade ta flera år, nu kan genomföras på några timmar genom att använda superdatorer.

Pyramid av system

- Infrastrukturen är i grunden en "pyramid av system", säger SNIC:s föreståndare professor Anders Ynnerman. Det består av mellannivåsystem på lokal nivå och tre större system i Linköping, Umeå och Stockholm.

Dragningskraften hos stora infrastrukturer ligger, enligt Ynnerman, i att de kan erbjuda de processmöjligheter som krävs i samband med studier som innehålla stora datamängder. Den typen av studier är till exempel vanliga inom medicinsk avbildning och astronomi.

SNIC har hängivna koordinatorer inom de olika discipliner som använder infrastruktuen. Enligt Ynnerman återfinns de största användarna inom fysik, kemi och teknikvetenskap, men tillväxtområden som bioinformatik och livsvetenskap börjar allt mer använda sig av SNIC:s tjänster.

Internationellt samarbete

SNIC fick särskilt ansvar för att utveckla säkerhetssystem för CERN:s linjenät. Att skapa stora datorinfrastrukturer för forskning är en uppgift som sträcker sig över gränserna.

- Den internationella trenden är att skapa stora infrastrukturer för att stödja forskningen, säger Ynnerman, och tillägger att SNIC är djupt involverad i EGEE (Enabling Grids for E-science in Europe), ett europeiskt projekt som syftar till att bygga ut dataresurserna över kontinenten. SNIC är också inblandat i the Nordic Data Grid Facility, som tillhandahåller en nordisk infrastruktur.

- Uppbyggnaden av dessa infrastrukturer en teknisk fråga, men det är också en juridisk och politisk fråga, säger Ynnerman. Att bygga upp ett nätverk på nordisk nivå är ett sätt att experimentera med dessa frågor, eftersom de juridiska och politiska spörsmålen är ganska lika i de nordiska länderna.

Text: James Savage

Denna text har tidigare publicerats i tidskriften "Facilities for future discoveries - focus on research infrastructure by the Swedish research council" från februari 2006. Texterna har anpassats till svenska av Helena Bornholm.